(文/Thomas Fester)这一文将集中在空间结构艺术上,用酶的底物结合区来展现生物分子的空间结构之美。主角就是真菌纤维素酶。首先,来张简单的结构图,蓝色球体是带有碳元素的蛋白,黄色的球体是有氧元素的蛋白,蓝色的是有氮元素的蛋白,红色的是有硫元素的蛋白。
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(图:真菌纤维素酶): _% C, y8 y8 t; q% X4 m0 n
下面这张图的结构有点“发散性”,在激发淡黄色元素的时候结构稍微变得清晰点。/ H- E' ^/ x9 ^0 D3 _( i, l" ?; l
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(图:真菌纤维素酶)/ j( a, `9 k) m
自从我开始关注酶底物结合区,下面的结构就是我重点关注的位置,蓝色碳元素和红色氧元素蛋白颗粒的位置就是人造底物与酶结合的区域。- V+ r" h/ b& J) z6 ~5 y9 @6 }
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(图片:真菌纤维素酶与人造底物结合), m% |: D5 x: x* U* _
而下面是通过另外一种角度来诠释酶-底物结合区的结构:在圆筒型区域内人造底物被标记上绿色。
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(图片:真菌纤维素酶与人造底物结合)
. W- [/ R3 s- [! V/ B) Q这一张显示出一个非常明显的圆筒状结构,这是消除了蛋白残基后留下的结构,人造底物在这被标记为白色和黄色。) M! v G+ m& G# H0 p; w) u
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(图片:底物结合区)
) ^+ K. _* j. Y& `4 E! k9 d4 o最后,我将相机移动到底物结合区得中轴位置上。底物被标记为白色和黄色;蛋白原子则位于底物之上(碳元素:灰色, 氧元素:黄色, 氮元素:蓝色,硫元素:红色)
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(图片:底物结合区)
. Y3 h) N; K0 D$ A$ W图片来自原文" t; v5 s0 \1 v# f! `1 F9 g% h; T7 V$ S
原文看这里
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; w& H, P2 i8 I9 V3 @- I1 M博主介绍:Thomas Fester从事土壤中根系相互作用的研究长达数年,而他的科学写作却触及科学中的方方面面。博文内容常会涉及对科学问题的想象,并且以图片形式呈现。Thomas说:“根据我的博文内容,你需要自己去想象,这些到底是如何做到的。”南通0 |