明崇祯十七年(1644年)甲申,明朝任命徐起霖为福建永安知县。上任之时正逢明朝末年,内有李自成大顺军和张献忠大西军攻城略地,外有后金(大清)窥视中原,朱明王朝正处于风雨飘摇之中。有感于局势艰危,盗贼蜂起,上任伊始的徐起霖就筹划着如何御寇安民。他组织军民修城垣,备矢石,办团练。任命义勇黄六德、张贞吉和乡勇欧永福等作为民团的头领,联络各寨,安抚人心。清顺治二年(1645)八月间,汀州、漳州一带的流寇数千人竖着旌旗浩浩荡荡由南路而来,从永安城南门外攻城。由于徐起霖提前做好了城防措施,贼寇久攻不下,就放弃攻城,转而纵火焚烧永安城外的房屋。由于风向不利,乘风势卷起的大火延烧到城楼,西、北两面的城楼及民居尽数焚毁,永安城几不可守。徐起霖率领城里的军民日夜防守,并发炮击毙贼寇五人。然而贼寇人多势众,永安城危在旦夕。守军中有人见形势危急,暗中与贼寇通款,准备开城迎寇,徐起霖及时侦知此情,迅速擒获奸细十一人,斩首示众。城外的贼寇闻讯,连夜逃走了,使永安城避免了一场城陷人亡。同僚中有人嫉妒他的才能,修书给当权者挑拨离间,使当权者对徐起霖产生嫉恨,令徐起霖的仕途接二连三遭遇危机。
清顺治三年(1646)秋八月,清军征南大将军博洛贝勒挥军南下,势如破竹,攻入福建,擒杀隆武帝朱聿键(唐王),南明隆武小朝廷就此覆灭。意识到明朝已亡,为保一城百姓,徐起霖无奈打开城门。博洛贝勒见徐起霖相貌堂堂, 又解满语,对他很是赏识,让他跟在身边,随军担任延平府的推官(随军的判官,主管狱讼刑罚)。后署理福建建宁县令,时值兵燹之余,百姓流离失所。徐起霖上任后招抚流民,全活饥饿无着落的妇女数百人。那些因战乱被清军虏掠待赎而又无人出钱认领的贫苦妇人,每天都有数十人饿得站不起来。要请示朝廷得到批准后再放人,恐怕没有几人能活到那个时候。于是徐起霖决定先放人,后来终于等来了朝廷放人的敕令。
朝廷改任徐起霖署理福建延平知府。福建兴化(莆田)、泉州等郡发生数起饥民造反的案件,徐起霖在审案时,宽恕了大多数被胁从的饥民,只对煽动民变的首恶者加以法办。在判案时,词严义正,把案件办成了铁案。其后徐起霖一度署理福州知府,执掌过福建盐法道的大印,经他的手审断的钦案二百余件,无不洞察秋毫,断案公允。清顺治五年(1648年)戊子,徐起霖担任福建乡试同考官,本房阅卷得周骏声8名才俊,都是当时的名士,日后做官皆有政声。
由于政绩卓然,福建的抚台、藩台、臬台、提督等大员交章上奏,举荐徐起霖才堪大用。正当等待朝廷的新任命之际,传来了母亲白太夫人不幸亡故的噩耗,徐起霖泣血整装,准备千里奔丧,为母亲守孝。闻讯而来的百姓依依不舍地送他到船上,号泣着说:“太夫人为何走得那么急,不多留些时日,好让我徐公多拯救些百姓,这不也是太夫人在积阴德吗?”徐起霖回乡为母亲守孝三年,服阙后补广西柳州府推官。大约清顺治十年左右,徐起霖又遭丧父之痛,回到家乡南通,为父亲徐大绅守孝三年。
清顺治十四年(1657年),徐起霖为父守孝三年期满后,清廷起用他为陕西郃阳知县。当地的盗匪劫持了某显宦,官府派出的捕快搜遍了全城也查不到劫匪的踪影,一时急得不知如何是好。徐起霖分析这帮匪徒敢于劫持朝廷命官,定是郃阳的惯匪,与已羁押在牢里的犯人必有某种联系。于是徐起霖叫衙役把狱囚集中起来,逐一比对审案的卷宗,从中挑选出三名重罪的惯匪,向他们宣布:你们若能在指定的期限内协助官府抓获劫匪,解救朝廷命官,就饶了你们的死罪。这三名重罪囚犯表示愿意为徐老爷效命,将功赎罪。于是,徐起霖当庭释放他们,以便去查找同伙。郃阳县衙的幕僚们都为徐老爷捏把汗,担心这些重罪的案犯会借机逃脱,那时徐老爷会因为擅自纵放重罪囚犯而获罪。但徐起霖对此却胸有成竹。果不其然,在这三名放出去的狱囚的协助下,案件如期告破,不仅成功解救出那位显宦,而且还抓获了劫匪。人们莫不佩服徐老爷的料事如神。
汉太史公司马迁祠位于陕西韩城外的芝川镇东南山岗上。韩城县与郃阳县相毗邻,同隶陕西同州府。司马迁祠寝宫右侧的墙壁上,镶嵌着一块长方形的“梦碑”。说起“梦碑”,还有一段故事可述。唐永徽二年(651年),褚遂良贬官同州刺史。夜梦一女子高髫盛妆,哭着对他说:“妾本是司马迁的侍妾,名叫随清娱。十七岁起侍奉司马迁,随他周游名川大山,带我来到此地。他适逢有事去了长安,留我暂居同州。后来司马迁亡故,妾因悲伤过度,不久也死去,葬于长乐亭之西。上天怜悯我未能尽享天年,就让我掌管这方土地。但朝代更迭,时事变迁,如今还有几人知道我是谁?知先生将执掌此地,妾不顾人神之隔,求先生出一言以为墓志铭,以期流传后世。”褚遂良醒来后认为这是随清娱托梦于他,深为感动,于是撰写了《故汉太史司马公侍妾随清娱墓志铭》。
一千多年后的清顺治十六年(1659),郃阳县令徐起霖从所收藏的古帖里发现了褚遂良当年所书《墓志铭》的原拓,虽然他并不相信神鬼托梦之事,但仍为古人的事迹所倾倒。于是,请韩城知县魏步南校订后,于当年六月三日让人镌刻成碑,镶嵌在司马迁祠寝宫右侧的墙壁上。此碑除褚遂良撰并书的《故汉太史司马公侍妾随清娱墓志铭》外,还留有郃阳县令徐起霖的长跋。此即司马迁祠“梦碑”的由来。
清顺治十七年(1660年),徐起霖迁任陕西巩昌府徽州知州。徽州古称河池,西汉初即已置县,因城北隅徽山下有徽山驿而得名。其境有青泥岭,李白在《蜀道难》诗中有句:“青泥何盘盘,百步九折萦岩峦”,叹息青泥古道盘盘曲曲,九折难行。徽州地僻民贫,是汉、回、满、苗等多民族的杂居之地,号称难治。徐起霖到任伊始,就深入民间,体察民情,寻访民瘼。时逢清军初定四川,徽州残破凋敝已极,各军统领和高官们却忙着圈占百姓的房屋和土地。且徽州界处四川冲要,兵马粮饷供应和徭役差使摊派络绎不绝,令地方疲惫不堪,百姓不得不背井离乡,流民充塞于道路。徐起霖不畏艰险,四次上疏朝廷,弹劾当道者圈占土地等损害百姓利益弄得民不聊生的行为,并向朝廷陈述徽州当地的实情,申诉请立即免除苦累百姓的七件事情:一曰残黎流散;二曰站马;三曰水夫;四曰造船;五曰过兵马;六曰买运米豆;七曰公差横索。其申诉受到了朝廷的重视,准其将军队分为六所来军屯,并让军队兼管地方治安。为了剿灭李定国大西军,清廷在川陕用兵,加派的练饷(指筹措军饷而加派的赋银)竟数倍于往年的旧赋。徐起霖有鉴于徽州百姓疲惫已极,绝难再承受如此重负,于是冒死上疏朝廷,据理力争,最终朝廷亦采纳了他的建议,使徽州百姓免受一场灾祸。
徐起霖在徽州知州任上九年,招抚流亡,与民休息,恢复生产,全活百姓数以万计。体察民间疾苦,兴利革弊,实心为民,以一介七品小吏,不顾个人安危,敢于四劾大臣,屡屡上疏朝廷为民请命,有古贤臣之风。徽州百姓对徐起霖感恩戴德,为他立《德政碑》;徐起霖离任时,士民拦住他的车泣泪不忍他离去。清康熙五十八年(1719年),朝廷根据徽州百姓的奏请,准将徐起霖列入徽州名宦祠,供后世崇祀景仰。
清康熙八年(1669年 ),徐起霖升任直隶长芦都转运盐使司天津分司同知。天津卫地近京畿,是富庶之地,运盐使司是个很有油水的美差,但徐起霖脂膏不润,清廉自守。
清康熙十四年(1675年),徐起霖擢任直隶真定知府。时值“三藩”乱起,朝廷忙于滇南用兵,地方上要不时提供兵马粮饷,刚刚上任的徐起霖就立即行动起来,积极筹措粮饷,以保障平“三藩”大军的军需。
为扩充兵源,直隶援剿提督刘兆麟在真定府招募了数千新兵,还未来得及对新兵整编训练就奉命调离了。这数千新兵的粮饷一时没有着落,群情激愤,夜半在军营里大声呼叫,喊声震天,令城里的官吏们惴惴不安,担心时间长了会酿成兵变。知府徐起霖也忧心忡忡,于是拿出自己的全部俸禄备以牛酒到军营里犒劳这些军士,稳定军心。并设法把这数千新兵分散开来,分屯于各个军营,这一棘手的问题就这样解决了。
清康熙十六年(1677年),徐起霖权署井陉道。不久,以疾病向朝廷辞官,回乡养疴。
回到家乡后,徐起霖不忘造福于桑梓之地,曾慷慨出资,把狼山上的诸殿堂楼阁修葺一新,还创建南通城首座育婴堂。据徐起霖的来孙(五世孙)徐宗幹在《斯未信斋杂录》中说:“徐氏累世无难产者,人以为创设育婴堂之报”。南通百姓对徐起霖造福家乡的善举十分感佩。
南通城里有座珠媚园,是明代大司马顾养谦的别业。顾养谦的子孙无力守住祖业,于康熙年间将这座祖上的故园卖给了徐起霖。于是,徐起霖就成了珠媚园的第二位主人。赋闲故里的徐起霖与朋辈徜徉于林泉之间,诗酒酬酢,卒年七十有三。著有《孝经同善录》若干卷行世。